O monitoramento de espécies exóticas é realizado por meio do uso de placas de incrustação distribuídas nos cais e píeres dos portos interno e externo, as quais são retiradas e raspadas para análise semestralmente, bem como por meio de inspeção visual com mergulho, tanto em substratos naturais (recifes e costões rochosos) quanto artificiais (cais e píeres). Quanto ao controle, no intuito de prevenir a introdução de espécies exóticas e de inibir o assentamento de larvas eventualmente aportadas na área via água de lastro, foram publicadas as Portarias Suape N. 16/2018 e N. 090/2021, com normas para a prevenção da introdução de espécies exóticas e bioinvasões na área do porto organizado da estatal e que devem ser seguidas rigorosamente pela comunidade portuária.